Испания, 1944 год. В густых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, мечтательная десятилетняя девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает отчим Офелии, капитан Видаль — безжалостный офицер франкистской армии, одержимый уничтожением повстанцев. Однажды девочка находит рядом с домом таинственный заброшенный лабиринт, куда её приводит волшебная фея. В сердце лабиринта Офелия встречает древнего Фавна, хранителя подземного мира.
Фавн открывает девочке удивительную тайну: она является пропавшей принцессой магического королевства, которую безуспешно разыскивал её отец-король в течение многих столетий. Чтобы вернуться в своё истинное королевство, Офелия должна до наступления полнолуния выполнить три мистических испытания. Фавн строго предупреждает: никто из смертных не должен узнать о её миссии и волшебном предназначении.